Sayyid Mustafa meninggalkan tiga orang puteri dan tiga putera. Imam Khomeini adalah yang bungsu.
Pada usia 15 tahun, ibunya meninggal dunia, demikian pula bibik yang
mengasuh beliau. Sejak masa kanak-kanak, Imam Khomeini mulai belajar
menulis dan membaca di rumah. Kemudian, beliau masuk ke suatu sekolah
yang baru saja didirikan; dan di situ beliau belajar dengan
sungguh-sungguh. Sebelum genap berusia 15 tahun, beliau telah mahir
bahasa Parsi, kemudian mulai belajar pengantar ilmu-ilmu pengetahuan
Islam dari abangnya, Pasandideh.
Sesudah itu, Imam Khomeini pergi ke Arak, lalu ke Qum. Di sini beliau
belajar pada Syaikh Abdul Karim Hairi Yazdi. Pada tahun 1922 beliau
menyelesaikan tingkat pelajaran tertinggi seraya membantu Syaikh Hairi
mengajar.
Ketika Syaikh Hairi meninggal (tahun 1937), Imam Khomeini telah
termasuk salah seorang tokoh ulama terkemuka dan dikenal sebagai seorang
alim yang jenius. Selain pengetahuannya yang luas di bidang hukum,
beliau juga dikenal sebagai seorang spesialis dalam pengetahuan
astronomi, falsafah umum, falsafah tradisional, dan irfan (gnosis).
Gurunya di bidang astronomi adalah Ali Akbar Yazdi, sedangkan dalam
falsafah umum, falsafah tradisional, dan irfan adalah Muhammad Ali
Shahabadi.
Imam Khomeini memiliki dua anak laki-laki dan tiga perempuan. Putera
beliau yang tertua, Ayatullah Sayyid Mustafa Khomeini, mati syahid pada
tanggal 23 Oktober 1977 melalui pembunuhan misterius (operasi intelijen)
yang dilakukan oleh agen-agen pemerintahan despotik Syah Reza
Pahlevi.
Lebih dari tiga puluh judul buku — tentang berbagai aspek — telah
ditulis oleh Imam Khomeini. Banyak pihak menilai buku-buku tersebut
berkualitas tinggi dan pembahasannya sangat rinci dan mendalam. Di saat
rezim tiranik Reza Khan (ayah Syah Reza Pahlevi, Syah Iran terakhir)
sedang berkuasa, Imam Khomeini menulis buku: “Kasyf-al-Asrar”
(Mengungkap Rahasia), yang gaya penulisannya sangat tegas dan tidak
mengenal kompromi. Agaknya, gaya ini merupakan ciri khas dari
tulisan-tulisan beliau. Dalam buku “Kasyf-al-Asrar” itu, Imam Khomeini
mengutuk keras rezim Reza Khan yang secara kasat mata — dan tidak kenal
malu — menggantungkan diri pada kekuatan asing, dalam hal ini Inggris.
Beliau juga melihat dengan jelas bahwa permusuhan rezim Pahlevi
terhadap Islam bukanlah semata-mata didorong oleh hasrat seorang
diktator, tetapi merupakan bagian dari satu rencana besar untuk
melenyapkan Islam sebagai satu kekuatan sosial-politik di seluruh dunia.
Rencana tersebut disusun oleh pusat-pusat kajian imperialistik dan
dipercayakan kepada agen-agen setempat untuk mewujudkannya. Di Iran,
agen mereka adalah Reza Khan.
Dalam buku Kasy-al-Asrar tersebut, Imam Khomeini menulis, “Semua
perintah yang dikeluarkan oleh rezim diktator dari bandit Reza Khan,
sama sekali tidak bernilai. Undang-undang yang dikeluarkan oleh parlemen
binaannya harus dirobek-robek dan dibakar. Semua kata-kata sinting
yang telah keluar dari otak serdadu yang buta huruf itu adalah busuk,
dan hanya Hukum Allah yang tetap dan lestari dari gerusan waktu”.
Kata-kata yang sama sekali tidak mengenal kompromi ini ditandai oleh
satu pandangan batin yang radikal dan ditransformasikan ke dalam
realitas politik.
